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cron-apt를 설치하면 오전 4시에 알아서 패키지 업데이트를 해준다.

sudo apt-get install cron-apt

/etc/cron.d/cron-apt 파일 안에서 시간 설정을 바꿀 수 있다. 나는 오전 5시로 바꿨다.

root@bamtol:/etc/cron.d# cat /etc/cron.d/cron-apt
#
# Regular cron jobs for the cron-apt package
#
# Every night at 5 o'clock.
0 5	* * *	root	test -x /usr/sbin/cron-apt && /usr/sbin/cron-apt
# Every hour.
# 0 *	* * *	root	test -x /usr/sbin/cron-apt && /usr/sbin/cron-apt /etc/cron-apt/config2
# Every five minutes.
# */5 *	* * *	root	test -x /usr/sbin/cron-apt && /usr/sbin/cron-apt /etc/cron-apt/config2

참고: https://help.ubuntu.com/community/AutoWeeklyUpdateHowTo